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INCONTRO INTRODUTTIVO CORSO DI METABOLOMICA SPERIMENTALE

Il corso di Metabolomica sperimentale nasce con l’obiettivo di affrontare la metabolomica da un punto di vista prevalentemente pratico e sperimentale.

A partire da alcuni cenni sui principi e sulle principali strategie dell’analisi metabolomica, il corso sarà focalizzato sulle diverse fasi del workflow sperimentale: preparazione e trattamento dei campioni, estrazione dei metaboliti, acquisizione dei dati mediante tecniche spettroscopiche e cromatografiche, fino all’interpretazione dei risultati.

Particolare spazio sarà dedicato alle attività di laboratorio, che permetteranno di seguire direttamente le diverse fasi di un’analisi metabolomica e di affrontare esempi di caratterizzazione di metaboliti anche direttamente in miscela.

L’obiettivo è acquisire non soltanto conoscenze sulle tecniche utilizzate, ma soprattutto la capacità di progettare, condurre e interpretare criticamente un esperimento di metabolomica.

Per maggiori dettagli sui contenuti, sugli obiettivi formativi e sull’organizzazione del corso, è possibile consultare il syllabus dell’insegnamento.

Chi può partecipare?

Il corso è aperto agli studenti dei percorsi Biomolecolare e Biosanitario, nonché agli studenti iscritti ad altri Corsi di Laurea Magistrale o a ciclo unico interessati ad approfondire gli aspetti sperimentali della metabolomica.

Sei interessato/a al corso?

Gli studenti interessati a partecipare al corso e/o all’incontro informativo, che si terrà il giorno 8 ottobre alle ore 15:00 (e durerà circa un’ora) possono compilare il seguente form.

Nel form è inoltre possibile segnalare anticipatamente domande, dubbi o aspetti sui quali si desidera ricevere maggiori informazioni, che potranno essere discussi durante l’incontro informativo.

ACIDI E BASI

Esercizio n. 1

Per ciascuna coppia acido-base coniugati, identificate la prima specie come acido o base e la seconda specie come base o acido coniugato. Inoltre, disegnare per ogni specie le strutture di Lewis, mostrando tutti gli elettroni di valenza e le cariche formali.

(a) HCOOH / HCOO–

(b) NH4+ / NH3

(c) CH3CH2O– / CH3CH2OH

(d) HCO3– / CO32-

(e) H2PO4– / HPO42-

(f) CH3CH3 / CH3CH2–

(g) CH3S– / CH3SH

Esercizio n. 2

Completare le seguenti reazioni di trasferimento protonico utilizzando le frecce curve per mostrare il flusso di elettroni in ogni reazione. Inoltre, indicare le strutture di Lewis per tutti i composti di partenza e per tutti i prodotti. Definire l’acido di partenza e la sua base coniugata, la base di partenza e il sui acido coniugato.

(a) NH3 + HCl —>

(b) CH3CH2O- + HCl —>

(c) HCO3– + OH– —>

(d) CH3COO– + NH4+ —>

Esercizio n. 3

Per ogni reazione di trasferimento protonico completare l’equazione ionica impiegando le frecce curve per indicare il flusso degli elettroni. Indicare l’acido di partenda e la sua base coniugata nonchè la base di partenza e il suo acido coniugato

(a) NH4+ + OH– —>

(b) CH3COO- + CH3NH3+ —>

(c) CH3CH2O– + NH4+ —>

d) CH3NH3+ + OH– —>

Esercizio n. 4

Nell’acido acetico, CH3COOH, l’idrogeno dell’OH è più acido degli idrogeni del CH3. Spiegare il perchè.

Esercizio n. 5

Ciascuna delle seguenti molecole o ioni può funzionare da base. Scrivere la formula di struttura dell’acido coniugato che si forma dalla reazione ddegli stessi con HCl.

Esercizio n. 6

Disporre i composti seguenti in ordine crescente di forza acida:

Esercizio n. 7

Disporre i composti seguenti in ordine crescente di forza basica:

Esercizio n. 8

L’acido acetico è un acido organico debole, pKa 4,76. Scrivere l’equazione della reazione di equilibrio dell’acido acetico con ognuna delle seguenti basi. Indicare dov’è spostato l’equilibrio

(a) NaHCO3

(b) NH3

(c) H2O

(d) NaOH

Esercizio n. 9

L’acio benzoico, C6C5COOH (pKa 4,19), è solo poco solubile in acqua, ma il suo sale sodico, C6C5COO–Na+, è piuttosto solubile in acqua. Potrà l’acido benzoico sciogliersi in:

(a) NaOH acquoso

(b) NaHCO3 acquoso

(c) Na2CO3 acquoso

Atomi e molecole: ulteriori esercizi

Esercizio n.1

Calcolare la carica formale per tutti gli atomi (tranne idrogeno) delle seguenti specie.

Esercizio n. 2

Scrivere la struttura di Lewis dell’anione nitrato

Esercizio n. 3

Rappresentare la struttura di Lewis dello ione idrogenosolfato. Calcolare le cariche formali e scrivere almeno due strutture di risonanza.

Esercizio n. 4

Rappresentare la struttura di Lewis, comprendendo i tipici contributi alla struttura di risonanza (ove appropriato) in relazione a: (a) cloruro di ammonio; (b) ipoclorito di calcio.

Esercizio n. 5

Scrivere tre strutture di risonanza a differente energia dello ione  periodato. Determinare la carica formale di ciascun atomo ed identificare la struttura di energia minima

Esercizio n. 6

Rappresentare la  struttura di Lewis dello:

(a) ione solfato

(b) ione solfito

Calcolare le cariche formali e scrivere almeno due strutture di risonanza per ogni specie

Struttura di Lewis – Acidità e basicità

Esercizio n. 1

Scrivete le formule di Lewis dei seguenti composti: (a) SOCl2; (b) COCl2; (c) C2HCl; (d) C2H3I; (e) PCl3; (f) POCl3.

Esercizio n. 2

Disegnate la struttura di Lewis e calcolare la carica formale di ogni atomo diverso dall’idrogeno nelle seguenti specie: (a) HNO2; (b) CH3OSO3H (c) CH3NH3+; (d) HCO3–

Esercizio n. 3

Quale, tra gli ossigeni evidenziati nelle seguenti specie, presenta una carica formale +1?

Esercizio n. 4

Disponete i legami indicati nei seguenti composti in ordine di lunghezza crescente, fornendo una adeguata spiegazione

Esercizio n. 5

Indicare quale dei seguenti composti ha momento dipolare = 0: (a) NF3; (b) Cl2; (c) HBr; (d) BBr3; (e) CHCl3 (f) BeCl2.

Esercizio n. 6

Per ogni coppia di molecole o ioni, indicate la base o l’acido più forte e scrivere la sua struttura di Lewis:

(a) CH3S– o CH3O–

(b) CH3NH– o CH3O–

(c) CH3COO– e OH–

(d) CH3CH2O– e H–

(e) NH3 o OH–

(f) CH3COO– o HCO3–

(g) HSO4– o OH–

(h) OH– o Br–

Esercizio n. 7

Spiegate il fatto che l’acido nitroacetico O2NCH2COOH (pKa 1,68) è un acido nettamente più forte dell’acido acetico, CH3COOH (pKa 4,76).

Esercizio n. 8

Scrivete le equazioni relative alle reazioni che i composti elencati di seguito possono dare rispettivamente con AlCl3 (acido di Lewis) e con H2SO4 (acido protico forte): (a) CH3NHCH3; (b) H2C=O; (c) CH3OH; (d) CH3CH2SCH2CH3

Esercizio n. 9

In ciascuno dei seguenti gruppi, disponete i composti in ordine di acidità crescente

Esercizio n. 10

In ciascuno dei seguenti gruppi, disponete i composti in ordine di basicità crescente

Regole per utilizzare correttamente l’AI

1. Fai sempre un primo tentativo

Prima di chiedere aiuto, prova a formulare una risposta, un’ipotesi o una spiegazione. Anche una risposta incompleta o sbagliata può essere un buon punto di partenza.

Scrivi invece:

2. Chiedi di essere guidato, non sostituito

Puoi chiedere al tutor:

  • di farti una domanda alla volta;
  • di fornirti un indizio;
  • di confrontare due ipotesi;
  • di aiutarti a individuare il primo errore;
  • di proporti un esempio più semplice;
  • di verificare se sai spiegare un concetto con parole tue.

3. Usa l’AI per farti interrogare

Il tutor AI può essere utilizzato per simulare un’interrogazione su uno specifico argomento del corso.

Prima di iniziare, indica:

  • l’argomento;
  • il livello di difficoltà desiderato;
  • se preferisci domande brevi o una simulazione completa dell’esame orale;
  • se vuoi ricevere la correzione dopo ogni risposta oppure soltanto alla fine.

Durante l’interrogazione, chiedi al tutor di:

  • formulare una domanda alla volta;
  • attendere la tua risposta prima di proseguire;
  • chiederti di motivare le affermazioni;
  • approfondire le risposte incomplete;
  • chiederti collegamenti con altri argomenti;
  • segnalare eventuali errori senza fornire immediatamente la risposta corretta;
  • distinguere tra errori concettuali, imprecisioni terminologiche e risposte semplicemente incomplete;
  • fornire alla fine una valutazione ragionata della preparazione.

Puoi utilizzare, per esempio, questo messaggio:

Ripasso rapido

Interrogazione guidata

Simulazione dell’esame orale

NB:

La valutazione fornita dall’AI è soltanto indicativa. Il tutor AI può non riconoscere alcune imprecisioni o attribuire un peso non corretto agli errori. La preparazione deve essere verificata utilizzando il programma, il libro di testo, i materiali del corso e le indicazioni del docente.

4. Motiva sempre le risposte

Non fermarti al nome di una reazione, di un’ibridazione o di un meccanismo. Cerca di spiegare:

  • quali elementi hai osservato;
  • quale principio chimico hai applicato;
  • perché hai escluso altre possibilità;
  • come struttura e condizioni influenzano il risultato.

5. Disegna personalmente strutture e meccanismi

Le strutture molecolari, le frecce curve, i meccanismi e gli schemi retrosintetici devono essere ricostruiti e controllati dallo studente.

Una descrizione testuale generata dall’AI non sostituisce il disegno chimico.

6. Controlla le risposte

L’AI può produrre spiegazioni incomplete, semplificate o errate. Le informazioni importanti devono essere verificate utilizzando:

  • il libro di testo;
  • le slide;
  • gli appunti;
  • le dispense;
  • i materiali del blog;
  • le indicazioni del docente.

ChatGPT non deve essere considerato una fonte bibliografica.

7. Chiedi spiegazioni diverse quando necessario

Se una spiegazione non è chiara, non limitarti a chiedere di ripeterla. Puoi chiedere:

  • un esempio concreto;
  • un confronto;
  • una rappresentazione per passaggi;
  • un’analogia;
  • una domanda diagnostica;
  • un esercizio più semplice;
  • una spiegazione adatta a chi possiede determinati prerequisiti.

8. Concludi sempre senza AI

Dopo il dialogo con il tutor:

  1. chiudi la conversazione;
  2. riscrivi il concetto con parole tue;
  3. risolvi un nuovo esercizio senza aiuto;
  4. verifica il risultato con il materiale ufficiale del corso.

9. Uso dell’AI per il laboratorio

Il tutor può aiutare a comprendere:

  • lo scopo dell’esperienza;
  • la reazione studiata;
  • il ruolo dei reagenti;
  • i risultati attesi;
  • le tecniche di isolamento, purificazione e identificazione;
  • le possibili cause di una resa o di un risultato anomalo.

L’AI non può modificare procedure, quantità, condizioni sperimentali o indicazioni di sicurezza. Per queste informazioni fanno fede esclusivamente la dispensa, la scheda pre-lab e le istruzioni del docente.

10. Proteggi i dati personali

Non inserire nella conversazione dati personali, informazioni riservate, credenziali o documenti contenenti dati di altre persone.

11. Segnala gli errori

Se ritieni che il tutor abbia prodotto un’affermazione chimicamente sbagliata o discutibile:

  • controllala sul materiale del corso;
  • conserva la domanda e la risposta;
  • segnalala al docente.

Gli errori dell’AI possono diventare occasioni utili per imparare a valutare criticamente un’argomentazione scientifica.

BENZENE: ESERCIZI DI RICAPITOLAZIONE

Esercizio n. 1

La meclizina è un antiemetico. Essa può essere prodotta attraverso la seguente serie di reazioni:

Scrivere i reagenti e le condizioni di reazione per tutti gli stadi A-F

Esercizio n. 2

proporre la sintesi del 4-fenil-3-buten-2-one mediante una reazione di condensazione della benzaldeide. Sintetizzare la benzaldeide a partire dal benzene.

Esercizio n. 3

L’1-(3-clorofenil)propanone è un sintone nella sintesi del buproprione, il cui sale cloridrato è l’antidepressivo Welbutrina. (a) Proporre una sintesi di questo sintone a partire dal benzene. (b) Ipotizzare una sintesi del buproprione a partire da questo sintone.

Esercizio n. 4

Di seguito è riportata la sintesi dell’antidepressivo Venlafaxina:

Scrivere i reagenti e le condizioni di reazione per tutti gli stadi A-F

Esercizio n. 5

Mostrare la sintesi del 2-amminobenzoato di metile, un agente aromatizzante al gusto di uva, a partire dal toluene.

Esercizio n. 6

Mostrare la sintesi del metilparaben, un composto ampiamente usato come conservante alimentare. Proporre la sua sintesi a partire dal toluene.

Esercizio n. 7

L’eutipina è un composto ad azione antibatterica isolato dal fungo Eutypa lata. Quetso fungo è responsabile di una malattia delle viti chiamata eutipiosi. Proporre una via sintetica che permetta di ottenere l’eutipina partendo dal composto indicato utilizzando come altri reagenti acetilene e acetone.

Esercizio n. 8

Il diazepam, più noto come Valium, è un sedativo/ipnotico del sistema nervoso centrale.

Di seguito è riportata l’analisi retrosintetica per la sintesi del diazepam. (a) Data l’analisi retrosintetica proporre una sintesi del diazepam. (b) il diazepam è chirale? Se si quanti possibili stereoisomeri si formano in questa sintesi?

Esercizio n. 9

Tra i primi farmaci antipsicotici usati per trattare la schizofrenia ci fu l’aloperidolo (Haldol), un inibitore competitivo dei recettori della dopammina nel sistema nervoso centrale.

(a) in base all’analisi retrosintetica, proporre una sintesi per l’aldoperidolo,

(b) l’aldoperidolo è chirale? Se si quanti possibili stereoisomeri si formano in questa sintesi?

Esercizio n. 10

L’erbicida trifluralina B può essere sintetizzata a partire dal para-clorotriflorometilbenzene. Proporre una sintesi per questo erbidica.

Esercizio n. 11

Proporre la sintesi dell’1,3-diesilbenzene a partire dal benzene

CONCETTI IMPORTANTI 14: ANALISI RETROSINTETICA

SINTESI

Quando si progetta una sintesi, il primo passaggio è confrontare il reagente con il prodotto. In particolare, bisogna:

  • contare gli atomi di carbonio nello scheletro carbonioso della molecola target. Determinare come ottenere la catena carboniosa dai materiali dipartenza disponibili è la parte più impegnativa della sintesi. Se necessario aggiungere atomi di carbonio, bisogna considerare le reazioni che permettono di formare i legami carbonio-carbonio
  • analizzare i gruppi funzionali. Quali sono e come possono essere modificati per facilitare la formazione della catena di atomi di carbonio? Come possono essere modificati aggiunti o eliminati per ottenere i gruppi funzionali del prodotto? la posizione dei gruppi funzionali è cambiata? La regiospecificità e la stereospecificità possono essere fattori da prendere in considerazione.
  • Procedere a ritroso. Spesso è più facile individuare l’ultimo passaggio di una sintesi che tentare di partire dalla reazione iniziale (analisi retrosintetica). L’analisi retrosintetica è una strategia fondamentale in chimica organica utilizzata per progettare la sintesi di molecole complesse, partendo da precursori più semplici. Questo approccio si basa sull’idea di lavorare all’indietro, partendo dal prodotto finale desiderato e identificando le sequenze di reazioni necessarie per raggiungerlo. L’idea è di partire dalla struttura del prodotto finale e di procedere a ritroso, uno stadio alla volta, fino a che non si individua la sequenza che permette di preparare il prodotto desiderato dai reagenti disponibili. Se non si riesce a raggiungere il risultato al primo tentativo, è necessario ripetere l’analisi retrosintetica usando una diversa sequenza di reazioni

ANALISI RETROSINTETICA

La freccia ⇒ indica la retrosintesi

A ⇒ B

la molecola B è la molecola più semplice che mediante una reazione porterà alla formazione della molecola A.

Nella progettazione della sintesi è fondamentale padroneggiare un gran numero di reazioni organiche: più reazioni si conoscono, più è probabile realizzare una sintesi con successo. Il principio guida nella pianificazione è semplificarla il più possibile. Un progetto di sintesi semplice ha una maggiore possibilità di avere esito positivo.

Disconnessione: La disconnessione implica la rottura di un legame all’interno della molecola target per generare due frammenti più semplici che potrebbero costituire i precursori della sintesi desiderata. Questo concetto aiuta a semplificare la complessità della sintesi, consentendo ai chimici di identificare i punti chiave di rottura per ottenere i precursori desiderati.

Sintoni: I sintoni sono frammenti ideali generati attraverso la disconnessione di un legame. Sono considerati ideali poiché rappresentano unità strutturali che facilitano la progettazione della sintesi. I sintoni possono essere utilizzati come guida per individuare i precursori necessari per la sintesi della molecola bersaglio.

Equivalenti Sintetici: Gli equivalenti sintetici sono specie chimiche effettive che svolgono la stessa funzione dei sintoni durante il processo di sintesi. Poiché i sintoni sono spesso specie ideali o transitorie e non possono essere impiegati direttamente, gli equivalenti sintetici vengono utilizzati al loro posto. Essi sono capaci di partecipare attivamente alle reazioni chimiche, generando gli intermedi di sintesi necessari per la formazione del prodotto finale.

Reagenti: I reagenti sono i composti chimici effettivi che reagiscono con gli equivalenti sintetici per avviare le reazioni di sintesi. Essi forniscono gli atomi o i gruppi funzionali necessari per la formazione degli intermedi di sintesi o della molecola bersaglio stessa. I reagenti sono fondamentali per la trasformazione dei precursori in prodotti desiderati durante il processo di sintesi.

INTERCONVERSIONE DI GRUPPI FUNZIONALI

Quando si progetta una sintesi, il primo passaggio è comparare, tra il reagente e il prodotto, sia lo scheletro di atomi di carbonio sia la posizione dei gruppi funzionali. Se essi non variano, si deve semplicemente capire come convertire il gruppo funzionale del reagente in quello del prodotto.

FUNZIONALIZZAZIONE DI UN CARBONIO

Può essere effettuata mediante una reazione radicalica

MODIFICA DELLA POSIZIONE DI UN GRUPPO FUNZIONALE

Se lo scheletro di atomi di carbonio non è modificato ma la posizione del gruppo funzionale è diversa, si devono prendere in considerazione le reazioni che modificano la posizione del gruppo funzionale.

MODIFICA DELLO SCHELETRO DI ATOMI DI CARBONIO

Se lo scheletro di atomi di carbonio è modificato, ma il numero di atomi di carbonio è lo stesso, si devono prendere in considerazione le reazioni che portano alla formazione di intermedi carbocationici.

AGGIUNTA DI UN CARBONIO ALLO SCHELETRO DELLA MOLECOLA

Le reazioni con cui è possibile introdurre un atomo di carbonio allo scheletro della molecola sono diverse. Il metodo che si sceglie dipende dal gruppo funzionale che si desidera avere nel prodotto.

AGGIUNTA DI PIÙ DI UN CARBONIO ALLO SCHELETRO DELLA MOLECOLA

Le reazioni con cui è possibile introdurre Più un atomo di carbonio allo scheletro della molecola sono diverse. Ioni acetiluro, epossidi, reattivi di Grignard, addizione aldolica, reazione di Wittig e reazioni di accoppiamento sono alcuni esempi.

Per una visione d’insieme delle reazioni che possono essere utilizzate nel progettare una sintesi organica è possibile consultare il post “Mappe delle reazioni in Chimica Organica“

Esempio 3

POSIZIONE RELATIVA DI DUE GRUPPI FUNZIONALI PER PROGETTARE UNA SINTESI

Se un composto contiene due gruppi funzionale, la loro posizione relativa può formìnire un buon suggerimento su come affrontare la sintesi.

  • Formazione di un composto 1,2-diossigenato
  • Formazione di un composto 1,3-diossigenato
  • Formazione di un composto 1,4-diossigenato
  • Formazione di un composto 1,5-diossigenato
  • Formazione di un composto 1,6-diossigenato

Esempio 1.

Sintetizzare il 3-esanone a partire dall’1-butino

Contando i carboni dei due composti, è evidente che bisogna aggiungere 2 carboni. In questo caso, dovendo partire dal butino, sfruttiamo l’acidità dell’idrogeno terminale per formare uno ione acetiluro da utilizzare come nucleofilo in una reazione SN2.

L’idratazione del 3-esino porta alla formazione di un enolo che tautomerizza immediatamente a chetone, quindi l’analisi retrosintetica è la seguente:

Per individuare i reagenti necessari, si parte dalle disconnessioni:

Per il primo passaggio dobbiamo disconnettere il legame C-C tra il C2 e il C3 del 3-esino:

Pertanto, lo schema sintetico è:

Esempio n. 2

Sintetizzare l’acido cicloesancarbossilico a partire dal bromocicloesano:

Partendo dalle disconnessioni possiamo avere due possibilità:

Le analisi retrosintetiche sono:

Gli schemi di sintesi sono:

Esempio n. 3

Sintetizzare l’1-metil-1-cicloesene a partire dal bromocicloesano

IN questo caso il prodotto da sintetizzare ha un carbonio in più e una insaturazione. Il doppio legame si può formare attraverso una reazione di disidratazione:

Il cicloesanone si può ottenere dall’ossidazione del cicloesanolo che si può ottenere dal bromocicloesano attraverso una reazione SN2

Quindi l’analisi retrosintetica è la seguente:

Lo schema di sintesi è dunque il seguente:

Esercizi un po’ più impegnativi sui composti carbonilici

Esercizio n. 1

Scrivere il meccanismo della seguente reazione indicando tutti i reagenti necessari:

Esercizio n. 2

Proporre un meccanismo per la seguente isomerizzazione:

Esercizio n. 3

Scrivere il meccanismo della seguente reazione indicando tutti i reagenti necessari. Nel primo stadio è possibile utilizzare la trietilammina.

Esercizio n. 4

Scrivere il prodotto della seguente reazione illustrandone il meccanismo:

Esercizio n. 5

Scrivere il meccanismo della seguente reazione. In qualche passaggio potrebbe essere necessario prevedere l’aggiunta di acido (pH 5).

Enoli ed enolati 3. Sintesi

Esercizio n. 1

Mostrare come convertire l’acido benzoico in 3-metil-1-fenil-1-butanone usando una condensazione di Claisen in qualche stadio della sintesi:

Esercizio n. 2

I seguenti composti sono prodotti di condensazione. Individuare i reagenti che hanno portato alla loro sintesi:

Esercizio n. 3

Proporre la sintesi dei seguenti composti utilizzando la reazione di anellazione di Robinson:

Esercizio n. 4

Descrivere in che modo possa essere sfruttata la sintesi acetoacetica per la preparazione dei seguenti composti:

a. 2-pentanone

b. 3-propil-2-esanone

c.4-fenil-2-butanone

Esercizio n. 5

Ipotizzare un meccanismo che spieghi la sintesi del 4-eptanone a partire dal butanoato di etile.

Esercizio n. 6

Come potrebbe essere sfruttata la sintesi acetoacetica per la preparazione del seguente composto?

Esercizio n. 7

Descrivere in che modo possa essere sfruttata la sintesi malonica per la preparazione dei seguenti composti:

a. acido pentanoico

b. acido 2-metilpentanoico

c. acido 4-metilpentanoico

Esercizio n. 8

Una sintesi piuttosto insolita degli steroidi correlati al cortisone include le due reazioni riportate di seguito

a. proporre dei meccanismi per queste due trasformazioni. Attenzione nell’individuazione del sito iniziale di deprotonazione dell’enone di partenza.

b. Proporre una sequenza di reazioni che a partire dall’ultima struttura precedentemente mostrata permetta di ottenere il seguente prodotto:

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