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Congresso di Metabolomica

Si apre oggi a Valencia (Spagna) il 18° congresso della Società Internazionale di Metabolomica.

Sarà un’occasione per scoprire le novità nel settore e, perché no, includerle nel corso del prossimo anno accademico. Il congresso è infatti un momento fondamentale di scambio e discussione tra i ricercatori che lavorano in questo campo.

La Metabolomica è un approccio che, come ormai sappiamo, trova applicazioni in diversi ambiti di ricerca. Quello che sta per cominciare è quindi un congresso ampiamente multidisciplinare. Basta dare un’occhiata al programma, disponibile sul sito del congresso (https://www.metabolomics2022.org/) o anche solo allo schema delle sessioni:

Ovviamente, il DiSTABiF non poteva mancare: parteciperà con una comunicazione orale nella sessione dedicata alla Chimica delle Sostanze Organiche Naturali

Esercitazione III

1) Scrivere il meccanismo di reazione e il prodotto (o i prodotti) principale delle seguenti reazioni. Indicare la stereochimica, se appropriato.


2) Quale/i delle seguenti reazioni non dà 3-metil-2-butanolo come prodotto principale?

3) Quale/i dei seguenti alcheni darà come prodotto l’1-bromo-1,2-dimetilciclopentano come prodotto principale della reazione con HBr?

4) Quando l’acido maleico e l’acido fumarico reagiscono con Br2, si forma acido 2,3-dibromosuccinico e il prodotto di reazione non ruota il piano della luce polarizzata. Nel caso dei prodotti ottenuti dall’acido maleico, è però poi possibile risolvere la miscela racemica, ottenendo i due enantiomeri, cosa che non è possibile fare nel caso della reazione a carico dell’acido fumarico. Cosa ci dice questo circa il meccanismo di addizione del bromo?

5) Da quali alcheni derivano i seguenti dioli vicinali?

6) Per ciascuna delle seguenti reazioni, scegliere le condizioni di reazione tra le opzioni indicate sotto:

7) Sintetizzare il seguente composto utilizzando 1-butene come unica fonte di atomi di carbonio

8) Spiegare perché è impossibile sintetizzare il seguente etere utilizzando la reazione tra un alchene e un alcol:

9) A partire dall’opportuno alchene, mostrare il meccanismo di sintesi del seguente composto. Indicare eventuali altri prodotti formati nel corso della reazione

a)

b)

c)

10) Scrivere il nome IUPAC (comprensivo di stereochimica) dei prodotti che si formano quando si fa reagire I) 2-metil-2-butene; II) (R)-3-metil-1-pentene; III) (E)-1-ciclobutil-1-butene con ciascuno dei seguenti reagenti. NB: mostrare il meccanismo per ciascuna reazione, indicando chiaramente anche la stereochimica!

a) HCl
b) Br2 in acqua
c) Br2
d) 1. BH3:THF; 2. H2O2, OH
e) H2O in ambente acido
f) Hg(OAc)2 in THF e H2O; 2. NaBH4, H2O
g) acido perossiacetico
h) 9-BBN; 2. H2O2, OH
i) KMnO4

Concorso miglior relazione di laboratorio: Premiazione


Si è tenuta oggi la premiazione della miglior relazione di Laboratorio di Chimica Organica.
Quest’anno, alla fine del corso di Chimica Organica del Corso di Laurea in Scienze Biologiche, è stata offerta a tutti gli studenti la possibilità di partecipare ad una esercitazione di laboratorio aggiuntiva rispetto a quelle obbligatorie tenute durante il corso. Molti studenti hanno accolto l’invito con entusiasmo.

Coloro che hanno preso parte a questa iniziativa hanno anche avuto la possibilità di partecipare al concorso per la miglior relazione di laboratorio.
Tutti coloro che hanno consegnato la relazione hanno fatto un ottimo lavoro, ma i premi erano solo 3…la commissione ha quindi decretato i seguenti vincitori (in ordine alfabetico):

Cozzolino Onofrio, Giugliano Sharonne, Palazzo Alessia

La premiazione è avvenuta in presenza del docente del corso (Prof.ssa Monica Scognamiglio), del presidente del Consiglio di Corso di Studi (Prof.ssa Brigida D’Abrosca) e del Direttore del DiSTABiF (Prof. Antonio Fiorentino) i quali, dopo un breve saluto, hanno consegnato i premi. Era presente anche il gruppo di ricerca di Chimica delle Sostanze Organiche Naturali del DiSTABiF.

FOTO DELL’EVENTO:

FOTO DAL LABORATORIO

PAROLA AGLI STUDENTI:

“Questa esperienza di laboratorio è stata per me molto costruttiva.
Essa mi ha permesso di concretizzare, mediante la sperimentazione, le conoscenze acquisite durante il corso di chimica organica.
Ma non solo! Ho imparato nuove tecniche di laboratorio, nuove procedure, a collaborare e a confrontarmi con il mio collega di cappa. […]
Ci hanno fatto appassionare, ragionare e soprattutto osservare ogni minimo dettaglio sviluppando, così, spirito critico verso ciò che stavamo facendo. […]
Concludo la mia riflessione con un celebre aforisma di Primo Levi : “La chimica è una cosa che serve a tutto. Serve a coltivarsi, serve a crescere, serve a inserirsi in qualche modo nelle cose concrete”.
Noi studenti dobbiamo cercare di arricchire il nostro bagaglio culturale in ogni modo non lasciandoci sfuggire occasioni come queste”. (Alessia Palazzo)

“Questa esperienza facoltativa di laboratorio è stata un’occasione per mettere in pratica alcune delle conoscenze acquisite durante il corso.
Per me è stato, innanzitutto, un piacere avere avuto modo di osservare le differenze tra la teoria e la pratica di una sintesi ed effettuare varie ipotesi su risultati imprevisti.
È stata, inoltre, un modo per acquisire manualità con strumenti finora non ancora utilizzati.
Questa occasione […] l’ho vista come un ulteriore modo per arricchire il mio bagaglio culturale e quello dei miei colleghi.
La mia speranza è che anche nei corsi che seguiranno, ci saranno date opportunità come questa poc’anzi vissuta”. (Onofrio Cozzolino)


Per le foto si ringraziano: Giugliano Sharonne, Alessia Palazzo, Francesca Guzzo, Joyce Rodriguez, Antonio Fiorentino

CdL Scienze Biologiche – Premiazione migliore relazione di laboratorio

La premiazione dei vincitori del concorso in oggetto è fissata per venerdì 17 giugno alle ore 16:00 in aula L.

Sono invitati a partecipare non solo coloro che hanno consegnato la relazione, ma anche tutti coloro che hanno partecipato all’esperienza di laboratorio opzionale.

Al fine di organizzare la cerimonia di premiazione al meglio, coloro che intendono essere presenti dovranno prenotarsi entro giovedì pomeriggio alle 18:00, utilizzando il seguente link: https://forms.office.com/Pages/ResponsePage.aspx?id=73pUj9cUykmk1FGmxcuSwXTRdKT1SyhLnKfYH_H9vfJUMTk0UUlIUTFOQVMzMEwyTzFGMzlQWFVBUy4u

Esercitazioni I/II

1) Completare la seguente struttura di Lewis e calcolare la carica formale per tutti gli atomi diversi dall’idrogeno:

2) Per ogni atomo di carbonio e legame C-C presente nella seguente molecola,
a) definire l’ibridazione, la geometria e l’angolo di legame.
b) Individuare gli orbitali molecolari
c) dire quali orbitali atomici sono coinvolti
d) Individuare, inoltre, il legame C-C più corto


3) Per ciascun gruppo di composti (NB: ogni riga definisce un gruppo), definire l’ordine di acidità crescente:

4) Per ciascuna coppia dei seguenti composti, dire qual è il più basico

5) Disegnare la proiezione di Newman del conformero più stabile del 2-metilpropano.

6) Di seguito sono riportati dei composti in proiezione di Newman o rappresentati con le formule a cavalletto:

a) attribuire il nome IUPAC a ciascuno composto; b) per tutti i composti rappresentati in proiezione di Newman, scrivere le formule a cavalletto corrispondenti; c) per tutti i composti rappresentati con le formule a cavalletto, scrivere la proiezione di Newman corrispondete; d) dire, per ciascun composto, se quello rappresentato è il conformero più stabile.

7) Scrivere i conformeri sfalsati ed eclissati dei seguenti composti (formule proiettive di
Newman e formule a cavalletto):
a) metilbutano, rispetto al legame C2-C3;
b) 1,2-dibromoetano;
c) 1,2-dicloro-1-fluoroetano;
d) esano, rispetto al legame C3-C4;
e) 2-cloro-3-metilpentano, rispetto al legame C2-C3;
f) 2-metilpentano, rispetto al legame C2-C3;

8) Disegnare i due conformeri a sedia dei seguenti composti e dire qual è il più stabile dei due. Spiegare perchè
a) cis-1-bromo-2-metilcicloesano
b) cis-1-isopropil-3-metilcicloesano
c) trans-1-butil-2-isopropilcicloesano
d) trans-1-t-butil-2-metilcicloesano

9) Disegnare il diagramma di energia potenziale per le conformazioni di etano e 2-cloro-3-metilpentano (prendere in considerazione il legame C2-C3). Indicare anche i conformeri che corrispondono ai massimi e ai minimi di energia.

10) Attribuire il nome IUPAC completo di stereochimica ai seguenti composti

11) Dire se il seguente nome è corretto. Se non lo è, scrivere il nome IUPAC corretto.

1-bromo-3-etil-4-metilcicloesano

12) Scrivere e attribuire il nome IUPAC al composto di formula C8H16 che possiede quattro carboni terziari e quattro carboni primari.

13) Dire qual è la relazione esistente tra i seguenti composti (enantiomeri/diastereoisomeri/ isomeri geometrici/isomeri conformazionali/ stesso composto/isomeri costituzionali/altro) NB: confrontare a/b; a/c; b/c

A)

B)

14) Quali dei seguenti composti è otticamente attivo? NB: è possibile scegliere più opzioni

a) (2S,3S)-2,3-diclorobutano

b) (2S,3R)-2,3-dicloropentano

c) (2S,3R)-2,3-diclorobutano

d) (1S,2S)-1,2-diclorociclopentano

15) Dire quale tra le strutture a-d rappresenta l’enantiomero del seguente composto

CdL Scienze Biologiche – ESERCITAZIONI DI RECUPERO: calendario dettagliato

Di seguito il calendario delle esercitazioni di recupero con l’elenco degli argomenti:

14/06 Struttura elettronica e legame; acidi e basi; rappresentazione delle molecole organiche (con esercizi dedicati alla interconversione delle diverse strutture); delocalizzazione elettronica; analisi conformazionale

16/06 Nomenclatura e stereochimica

21/06 Reazioni degli alcheni

28/06 Reazioni di eliminazione sostituzione (incluse reazioni di alcoli, eteri, epossidi)

30/06 Reazioni dei composti carbonilici

04/07 Ricapitolazione reazioni; Retrosintesi; schemi di reazione, ecc.

07/07 Biomolecole

Le esercitazioni si terranno in presenza, in aula H dalle 10:00 alle 12:00

Nei giorni antecedenti l’esercitazione, saranno pubblicati degli esercizi relativi agli argomenti che saranno affrontati. Quindi, tenete d’occhio il blog!

Metabolomica: un approccio all’interfaccia tra la chimica e la biologia

La METABOLOMICA è un approccio innovativo allo studio dei fenomeni e dei sistemi biologici.

Innanzitutto, dobbiamo considerare l’ampio range di applicazioni di questo approccio allo studio dei sistemi biologici. Applicazioni che riguardano la chimica delle sostanze naturali, la chimica degli alimenti, la chimica farmaceutica, il metabolismo, la fisiologia e lo studio della risposta a stress da parte degli organismi e delle interazioni che tra essi intercorrono, la chimica ambientale, la ricerca biomedica e tantissimi altri campi.

Del resto, la metabolomica si colloca all’interfaccia tra la chimica e la biologia, in quanto ciascun fenomeno biologico produrrà una risposta chimica misurabile e la determinazione delle variazioni osservate fornirà informazioni sullo stato del sistema biologico in analisi. Inoltre, andando a misurare quelli che sono i prodotti finali dell’espressione genica, ossia i metaboliti, fornisce informazioni essenziali su quello che è il fenotipo e la relazione di quest’ultimo col genotipo.

Uno step fondamentale nell’approccio metabolomico è la fase di disegno sperimentale. Al fine di ottenere dati che siano statisticamente e biologicamente significativi e che diano risposta alla nostra research question, è necessario definire a priori tutti i parametri sperimentali da considerare, le variabili da valutare e quelle da controllare. Sarà necessario inoltre prendere in considerazione l’utilizzo di un numero opportuno di replicati tecnici e biologici (tale numero varia sia in base al sistema biologico in analisi, sia in base alle tecniche analitiche utilizzate).

A questo punto, sarà necessario procedere all’esecuzione dell’esperimento e/o al campionamento. Le metodiche utilizzate variano a seconda del tipo di campione, ma un punto fondamentale e ineludibile, al fine di ottenere risultati che rispecchino il reale stato del sistema, è il quenching del metabolismo: sarà necessario bloccare tutte le reazioni, siano esse catalizzate da enzimi o meno. In genere, questo si ottiene con il metodo del deep freezing, congelando il campione immediatamente in azoto liquido (-196°C). I campioni sono poi conservati a -80°C fino al momento della liofilizzazione. Quest’ultimo processo, che allontana l’acqua dal campione, è necessario sia per una migliore conservazione (l’acqua è il mezzo per la maggior parte delle reazioni che avvengono nei campioni biologici) sia (in alcuni casi) per rendere compatibile il campione con le successive analisi.

La maggior parte delle tecniche analitiche usate in metabolomica richiede che il campione sia in soluzione, di conseguenza il passaggio successivo consisterà in una procedura di estrazione dei metaboliti. In questo caso le metodiche variano sia in base alla natura del campione, sia in base alla piattaforma analitica che si utilizzerà nella fase successiva. Fase successiva che consiste nell’analisi della composizione chimica degli estratti. Diverse tecniche sono disponibili, ma quelle più comunemente utilizzate in metabolomica sono la Spettroscopia di Risonanza Magnetica Nucleare (NMR) e la Spettrometria di Massa (MS). Quest’ultima richiede solitamente una separazione a monte dei metaboliti che compongono l’estratto ed è quindi in genere interfacciata con un sistema cromatografico (GC o HPLC/UPLC).

Una volta acquisiti i dati, il complesso dataset ottenuto è analizzato attraverso metodiche di analisi statistica multivariata (MVDA) al fine di estrarre le informazioni circa la classificazione dei campioni e circa i segnali e, in ultima analisi, i composti responsabili della classificazione osservata. A questo punto, si procede con la caratterizzazione strutturale dei composti che risultano essere significativi nell’analisi. Questa caratterizzazione si avvale, tra l’altro, di tecniche ad alta risoluzione e di spettrometria tandem, nel caso della MS. Nel caso dell’NMR una caratterizzazione dei metaboliti nell’estratto è possibile mediante l’utilizzo di tecniche NMR bidimensionali. Per entrambe le tecniche, un supporto notevole è fornito dai database.

Le informazioni estrapolate mediante MVDA vanno poi integrate con le conoscenze sul sistema biologico in analisi e forniranno la risposta alla domanda che sottende lo studio o forniranno nuove ipotesi da testare.


Per approfondimenti: Corso di Metabolomica



CdL Scienze Biologiche – ESERCITAZIONI DI RECUPERO: calendario

Di seguito il calendario delle esercitazioni di recupero:

8/06 ore 15:00-17:00

14/06 ore 10:00-12:00

16/06 ore 10:00-12:00

21/06 ore 10:00-12:00

28/06 ore 10:00-12:00

30/06 ore 10:00-12:00

04/07 ore 10:00-12:00

07/07 ore 10:00-12:00

Le esercitazioni si terranno in presenza, in aula H.

Il programma delle esercitazioni sarà stilato sulla base del feedback ricevuto dagli studenti interessi, i quali hanno ricevuto un link per un test preliminare (da svolgere ENTRO il 6 Giugno). Coloro che hanno effettuato la prenotazione, ma non hanno ricevuto la mail con il test in questione e coloro che non hanno effettuato la prenotazione sono invitati a contattare il docente.

Il programma delle esercitazioni sarà reso noto nel corso della prima esercitazione (e successivamente pubblicato sul blog).

Docente: Prof. Monica Scognamiglio

Tutor: Domenico Romano

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