Metabolismo, Vie e Network Metabolici: Risorse online

L’ultima lezione di metabolomica vi ha fornito una panoramica di quello che è il metabolismo. Sarà ormai chiaro quanto è complicato studiare un insieme così complesso di processi dinamici. Dalla settimana prossima entreremo nei dettagli di quello che è l’approccio metabolomico. Presto capiremo quanto importanti sono le risorse bioinformatiche, ivi inclusi i database per l’analisi e la visualizzazione di pathway e network metabolici.
Qui troverete un elenco di alcune di queste risorse.
Impareremo ad utilizzarle insieme molto presto, ma intanto potete iniziare ad esplorarle…e a visualizzare tutte le vie metaboliche che desiderate!


KEGG Pathway Database

Il database della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes permette di visualizzare le vie metaboliche del metabolismo centrale e del metabolismo specializzato (e non solo). Il database si compone delle seguenti sezioni:
1. Metabolism
    Global/overview   Carbohydrate   Energy   Lipid   Nucleotide   Amino acid   Other amino   Glycan
    Cofactor/vitamin   Terpenoid/PK   Other secondary metabolite   Xenobiotics   Chemical structure
2. Genetic Information Processing
3. Environmental Information Processing
4. Cellular Processes
5. Organismal Systems
6. Human Diseases
7. Drug Development.


Seguendo il primo link (Metabolism) è possibile visualizzare vie metaboliche specifiche o interi network metabolici. Le mappe visualizzate sono interattive, quindi, cliccando in diversi punti, è possibile selezionare sezioni specifiche. Inoltre cliccando sui nodi (NB: ogni nodo rappresenta un metabolita) è possibile consultare tutte le informazioni sul metabolita in questione, incluse le altre vie metaboliche e le reazioni in cui è coinvolto, gli enzimi che contribuiscono alla biosintesi e quelli che lo utilizzano come substrato, ecc.

Sarà possibile anche visualizzare link ad altri database che contengono informazioni di tipo diverso (ad es. dati spettroscopici, dati chimico fisici, dati biologici, ecc.) sul metabolita scelto, come ad esempio il ChEBI database (che pure vedremo essere molto utile) o i database per la metabolomica come lo Human Metabolome Database (HMDB)…e tanti altri. Inoltre, cliccando sui codici identificativi degli enzimi, è anche possibile avere informazioni su di essi. Il database permette, inoltre, di evidenziare variazioni delle vie metaboliche tra diversi organismi viventi.
In realtà, sono davvero tantissime le cose che si possono fare e le informazioni che si possono ottenere dalla consultazione di questo database.
Vedremo insieme come utilizzarlo, quando ci occuperemo dell’analisi dei dati di metabolomica. Intanto, però, potete iniziare ad esplorarlo. Qui troverete anche un tutorial che può esservi di aiuto.


MetaCyc

MetaCyc è un altro database che riporta vie metaboliche determinate sperimentalmente da un vasto numero di organismi. Attualmente contiene 2847 pathway da 3161 organismi diversi. Le vie metaboliche sono sia del metabolismo primario che del metabolismo specializzato. Include inoltre informazioni su metaboliti, reazioni, enzimi e geni associati.

MetaCyc include le seguenti funzioni:
– Online encyclopedia of metabolism
– Predict metabolic pathways in sequenced genomes
– Support metabolic engineering via enzyme database
– Metabolite database aids metabolomics research.
Anche questo database è interattivo e ci sarà molto utile nell’analisi dei dati di metabolomica! Inoltre è collegato oad altri database di indubbia utilità per l’analisi metabolomica (BioCyc e simili).


Altri link utili:

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